М.С.Гельфанд, В.В.Вьюгин, В.А.Любецкий

Об одном способе построения деревьев эволюции видов по множественным генетическим данным

Хорошо известно, что филогенетические деревья, построенные по различным семействам белков, часто не совпадают. Причиной этого являются как неточности в построении деревьев генов, так тот принципиальный факт, что деревья генов могут отличаться от дерева видов из-за дупликаций и потерь генов, горизонтальных переносов и т.п. Поэтому возникает задача построения "консенсусного" дерева видов, наилучшим образом согласованного с заданным множеством деревьев генов. Один из методов построения подобного дерева видов рассмотрен в настоящей работе. Он отличается от существующих методов, в частности, тем, что в нем учитывается не только топология исходных деревьев видов, но и надежность отдельных ветвей и, тем самым, явно учитывается возможность ошибок в деревьях генов, вызванная отсутствием надежных моделей эволюции последовательностей, неравномерностью эволюции в разных семействах генов и таксономических группах, а также и другими причинами.