С.Н.Истомина, Л.И. Рубанов
Параллельный алгоритм поиска регуляторного сигнала в геномах бактерий
Описывается способ распараллеливания существующего алгоритма поиска
регуляторного сигнала. Полученный параллельный алгоритм, использующий
стандартный протокол MPI, не привязан к определенному числу процессоров и
характеризуется линейной зависимостью скорости вычислений от числа доступных
процессоров. С использованием данного алгоритма становится возможным проводить
поиск регуляторных сигналов в больших наборах геномных последовательностей, что
было продемонстрировано в серии реальных экспериментов с предлагаемым
параллельным алгоритмом.