С.Н.Истомина, Л.И. Рубанов

Параллельный алгоритм поиска регуляторного сигнала в геномах бактерий

Описывается способ распараллеливания существующего алгоритма поиска регуляторного сигнала. Полученный параллельный алгоритм, использующий стандартный протокол MPI, не привязан к определенному числу процессоров и характеризуется линейной зависимостью скорости вычислений от числа доступных процессоров. С использованием данного алгоритма становится возможным проводить поиск регуляторных сигналов в больших наборах геномных последовательностей, что было продемонстрировано в серии реальных экспериментов с предлагаемым параллельным алгоритмом.