А.Г.Витрещак

Компьютерное предсказание регуляторных сайтов мРНК. Анализ регуляции экспрессии генов биосинтеза аминокислот и генов, кодирующих тРНК-синтетазы в грамм-положительных бактериях

Сравнительный анализ является мощным орудием предсказания различных вторичных структур РНК. Он использовался для предсказания как структурных, так и регуляторных РНК. В настоящей работе анализируются регуляторные вторичные структуры мРНК (T-box) в Грам-положительных бактериях. Экспериментально известно около десятка T-box сигналов в Bacilllus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Lactococcus lactis и Staphylococcus aureus. Используя выборку известных сигналов был составлен паттерн, и было проанализировано около сотни геномов при помощи программы RNApattern, написанной для этих целей. Вторичная структура РНК задавалась как набор параметров, включающих в себя длины спиралей и петель, расстояния между спиралями и консервативные позиции нуклеотидов. В ряде геномов Грам-положительных бактерий были найдены T-box сигналы перед новыми генами, включая предполагаемые аминокислотные транспортеры.