Е.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий

Алгоритм поиска мощных вторичных структур в нуклеотидной последовательности и его применение для подсчета числа таких структур в разных областях геномов

Разработан алгоритм для массового поиска шпилек в нуклеотидной последовательности, который применим для массового поиска шпилек большой мощности с заданными параметрами черенка и петли в трейлерных областях и в других типах областей генома у актинобактерий. С помощью предложенного алгоритма подсчитывались в геномных областях разного типа числа шпилек, которые могут образовать крест, т.е. пару шпилек на комплементарных цепях ДНК. В результате в этих областях обнаружены существенно различные количества длинных шпилек, прежде всего, в области между сходящимися генами (конвергонами). Возможно, что найденные шпильки связаны с формированием нетривиальной вторичной структуры ДНК, которая, возможно, служит для снятия конформационного напряжения и для терминации транскрипции.